Eestis hakati rahvahariduse korraldamisega laiemalt tegelema Rootsi võimu ajal XVII sajandil. Laste õpetamine sai köstrite või kirikuõpetajate ülesandeks, kuid edenes eelarvamuste ja majanduslike takistuste tõttu vaevaliselt. Olukord paranes tänu B. G. Forseliusele, kes 1684 hakkas ette valmistama kooliõpetajaid.

Esimene kirjalik teade selle kohta, et Vara piirkonnas lapsi õpetati, pärineb juba 1680. aastast. Siinne köster oli üks neist vähestest, kes oskas lugemise kõrval ka kirjutada (tõsi küll, soome keeles). Edenemise peatasid Põhjasõda ning katkuepideemiad, ka ei olnud uus, Vene võim huvitatud talurahva harimisest. Õpetust hakati edasi andma kodudes, vaatamata kesistele koolioludele kasvas lugeda oskajate arv pidevalt. 1739 tehti lugemaõppimine 7.-12. a vanustele lastele kohustuslikuks. 

Dokumentide hävimise tõttu pärineb järgmine kirjalik märge siinkandi koolidest alles aastast 1752: Maarja-Magdaleena kihelkonnas tegutses 2 köstrikooli kokku 30 lapsega ning kolm mõisakooli. Võib arvata, et loetletute seas oli ka Vara (köstri)kool. 1766 on kirja pandud, et Vara köster-koolmeistri käest said õpetust nii leeri- kui kohaliku mõisa koolilapsed. 1774/1775 on kihelkonnas lisaks kahele köstrikoolile olnud juba 10 mõisa- ja külakooli kokku  48+334 õpilasega.

XIX saj algul viidi Venemaal läbi ulatuslik koolireform; muuhulgas nõuti trahvi ähvardusel koolimajade kordaseadmist või uute ehitamist. 1806 rajatigi mõisa toel Varale uus, esimene spetsiaalselt kooliks mõeldud hoone. Õpetati aga endiselt põllutöödest vabadel talvekuudel ning peamiselt lugemist ja usuõpetust. Kirjutamine ja arvutamine tehti poistele kohustuslikuks alles 1851; tütarlastele tuli selle asemel õpetada käsitööd. Sajandi keskel hakati aabitsate ja kirikuraamatute kõrval vähehaaval kasutusele võtma äsja loodud õpikuid ja lugemikke. 1820-1862 juhatas kooli Johan Friedrich Masing, olles selles ametis teadaolevalt kõige kauem vastu pidanud.

Eesti Vabariigi ajaks oli praeguse Vara valla territooriumil loodud ja tegutses viis algkooli: Kaarli, Koosa, Matjama, Tähemaa, Välgi (Nõmme). Hiljemalt 1935/36 õppeaastaks olid need kõik kasvanud 6-klassilisteks, ENSV ajal  aga tasapisi suleti või liideti Vara kooliga. Nii on XX sajand osutunud eriliselt nimerohkeks: 1926 kolis kool Vara mõisast Kaarli mõisa ja nimetati Kaarli algkooliks, peale sõda sai sellest Kaarli Mittetäielik Keskkool, 1954 7- ja 1962 8-klassiline kool, alates 1974 Vara 8- ja 1988 9-klassiline kool ning alates aastast 1992 Vara Põhikool.

XX sajandil on kõige pikemat aega direktoriks olnud Lembit Vaino (1959-1985). Tema ajal, 1973 valmis uus maja, mis praeguseks on omakorda ajalooks saanud.